創薬に資する霊長類のオミックスデータベースD3Gの公開

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ヒト・非ヒト霊長類のゲノムなどの高品質データを提供

2020-03-25 理化学研究所,東京都医学総合研究所,滋賀医科大学,実験動物中央研究所,慶應義塾大学,医薬基盤・健康・栄養研究所,日本医療研究開発機構

理化学研究所(理研)予防医療・診断技術開発プログラムの河合純副プログラムディレクターらの共同研究グループは、ヒト、カニクイザル、マーモセットの霊長類のゲノムと遺伝子モデル、遺伝子発現の情報を含むオミックス情報[1]の統合データベース「D3G(Database for Drug Development based on Genome and RNA)」を公開しました。

本データベースを利用することで、「核酸医薬[2]」の創薬研究における効果的な塩基配列の選択や有効性の評価、安全性の予測・解釈が容易になり、創薬に携わる研究者(アカデミア・企業)の業務が大きく推進され、創薬における新たなイノベーションにつながると期待できます。

アンチセンス医薬[3]やsiRNA医薬[4]に代表される核酸医薬は、種特異性が高いため、ヒトと遺伝的な類似度が高い非ヒト霊長類を用いた評価が有用と考えられます。しかし、これまで非ヒト霊長類の遺伝子情報の整備は限定的であるとともに体系的に整理されておらず、創薬のボトルネックになっていました。

今回、共同研究グループは、創薬研究において利用される非ヒト霊長類モデル動物であるカニクイザルおよびマーモセットのゲノムDNAとRNAを独自の技術を駆使して解析することで、高品質かつ総合的なデータセットを構築しました。本データセットは全ゲノムDNA配列、遺伝子モデル、毒性評価試験の対象とされる全組織の遺伝子発現の情報を含み、塩基配列を検索するツールや手順とともにデータベースD3Gとして整備されました。

本データベースのα版(データコンテンツの限定版)は、2019年夏より関係コミュニティ(研究や創薬を目的とした組織や団体)に広く利用されていますが、今般、最新のデータコンテンツを掲載した正式版が2020年3月25日に「D3G(Database for Drug Development based on Genome and RNA)」ウェブページから一般に公開されます。

また本データベースのデータは、オンプレミス運用を可能にする高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenomeパッケージ版(創薬パック)」(株式会社レトリバ)にも収録されています。

※共同研究グループ
理化学研究所
予防医療・診断技術開発プログラム
副プログラムディレクター 河合 純 (かわい じゅん)
生命医科学研究センター
予防医療・ゲノミックス応用開発ユニット
ユニットリーダー 川路 英哉 (かわじ ひでや)

(東京都医学総合研究所 副参事研究員)

特別研究員 廣瀬 直毅 (ひろせ なおき)
テクニカルスタッフ 佐野 浩美 (さの ひろみ)
理研-IFOMがんゲノミクス連携研究チーム
チームリーダー 村川 泰裕 (むらかわ やすひろ)
応用ゲノム解析技術研究チーム
チームリーダー 岡崎 康司 (おかざき やすし)
客員主管研究員 八木 研 (やぎ けん)
技師 山本 由美子(やまもと ゆみこ)
分子配列比較解析チーム
チームリーダー 工樂 樹洋 (くらく しげひろ)
技師 門田 満隆 (かどた みつたか)
技師 西村 理 (にしむら おさむ)
滋賀医科大学 動物生命科学研究センター 幹細胞・疾患モデル研究部門
教授 依馬 正次 (えま まさつぐ)
客員講師 清田 弥寿成(せいた やすなり)
特任助教 中家 雅隆 (なかや まさたか)
特任准教授 築山 智之 (つきやま ともゆき)
特任助教 岡村 永一 (おかむら えいいち)
特任助教 武藤 真長 (むとう まさなが)
実験動物中央研究所 マーモセット医学生物学研究部
部長 佐々木 えりか(ささき えりか)
室長 井上 貴史 (いのうえ たかし)
研究員 峰重 隆幸 (みねしげ たかゆき)
研究員 圦本 晃海 (ゆりもと てるみ)
研究員 渡部 聡朗 (わたなべ としあき)
技術員 李 佳穎 (リー・ジャーイン)
慶應義塾大学 理工学部 生命情報学科
教授 榊原 康文(さかきばら やすぶみ)
研究員 ワサンタン・ジャヤクマル

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